En la tabla siguiente se comparan las características de la implementación ClickOnce y de Windows Installer.
| Caracteristicas | Windows Installer | ClickOne |
| Actualizacion Automatica | Si | Si |
| Deshacer despues de la Instalacion | No | Si |
| Actualizar desde la web | No | Si |
| No afectar componentes compartidos | No | Si |
| Se concenden permisos de Seguridad | Concede plena confianza | Solo los permisos necesarios |
| Permisos de Seguridad Requeridos | Administrador | Zona Internet o Intranet |
| Firma de manifiestos de aplicacion e implementacion | No | Si |
| Interfaz de usuario del proceso de instalacion | Asistente de varias partes | Indicador unico |
| Instalacion de Ensamblados a peticion | No | Si |
| Instalacion de Archivos Compartidos | No | Si |
| Instalacion de Controladores | Si(personalizado) | No |
| Instalacion en la cache global de ensamblados | Si | No |
| Instalacion para varios usuarios | Si | No |
| Agregar la app al menu de Inicio | Si | Si |
| Agregar la app al grupo Inicio | Si | No |
| Agregar la app al menu de Favoritos | Si | No |
| Registrar tipos de Archivos | Si | Si |
| Acceso al Registro durante la instalacion | Si | Limitado |
| Revision de Archivos Binarios | Si | No |
| Ubicacion de instalacion de aplicaciones | Carpeta Archivos de Programa | Cache de Aplicaciones |
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